По материалам Всемирной Организации Здравоохранения (ВОЗ), к середине декабря текущего года во всем мире протестировано более 15000 изолятов пандемического вируса гриппа А/H1N1/sw-09 в отношении оценки их чувствительности  к озельтамивиру. Выявлено 136 штаммов с мутацией устойчивости к данному препарату. В настоящее время считается, что данная мутация носит спорадический характер, а такие штаммы пока не получили широкого распространения. Идентичные мутации в гене нейраминидазы, были описаны ранее для вирусов сезонного гриппа, а также гриппа птиц H5.
С середины 80-х годов исследователями разных стран мира  предпринимались попытки выявления  связи, в том числе экспериментальной, между мутациями и биологическими свойствами вируса гриппа. Было показано, что пассирование вирусов человека и свиней в куриных эмбрионах может изменить рецептор-связывающую специфичность белка гемагглютинина в результате мутации, делая их более похожими на вирусы гриппа птиц.
Об устойчивости вируса пандемического гриппа А/H1N1/sw-09 к препарату «реленза» сообщений в доступных источниках нет.  По данным GenBank для всех исследованных штаммов пандемического вируса гриппа характерна устойчивость к адамантанам. Проведённый  поисковый анализ в GenBank не выявил наличия в геноме пандемического вируса гриппа  мутаций устойчивости к препарату «арбидол».
20 ноября 2009 года ВОЗ  официально сообщила о мутации (D222G), обнаруженной у  вирусов гриппа А/H1N1/sw-09, выделенных из материала от пациентов  в Норвегии, Бразилии, Китае, Японии, Мексике, Украине и США. По заключениям экспертов ВОЗ, наличие вирусной мутации D222G носит адаптивный характер и не приводит к повышению патогенности вируса для человека. Также нет данных, что её наличие снижает эффективность имеющихся противопандемических  вакцин.
С конца мая и по настоящее время в ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора выделено 67 штаммов, изучены  нуклеотидные последовательности вирусного генома 54 штаммов. Все они были аналогичны соответствующим фрагментам референс-штамма A/California/04/2009(H1N1)v. Генов устойчивости к осельтамивиру не выявлено.
С целью уточнения источников и механизмов происхождения обнаруженных вариантов вируса были проведены дополнительные, более полные молекулярно-генетические исследования, позволившие сравнить их  с данными международного генетического банка. Результаты исследований показали, что вирусы гриппа А/H1N1/sw-09,  обнаруженные в Российской Федерации, также как и во всем мире, представляют собой реассортант и имеют в своей структуре 2 гена птичьего происхождения (PB2, PA), 3 гена от Североамериканского гриппа свиней (HA, NP, NS), 2 гена Евроазиатского гриппа свиней (NA, M), 1 ген от вируса гриппа человека (PB1).
Более детальный молекулярно-генетический анализ показал, что среди изучаемых вирусов нового варианта представлены также изоляты, имеющие  изменения,  характерные для сезонного гриппа человека и не характерные для свиней. Подобные изоляты были выделены в Мексике, США, Финляндии и Франции. Установленный факт может свидетельствовать о генетической и эпидемиологической неоднородности  циркулирующих вирусов, например, по их способности к инфицированию.
При оценке результатов исследований, особое внимание обращено на ситуацию в Восточноазиатском регионе мира (Китай,  Монголия, Япония), где, по данным региональных бюро ВОЗ, наблюдается активное развитие эпидемического процесса. При этом Китай  выделяют отдельно, как территорию с циркуляцией пандемического A/H1N1/sw-09 и всех типов сезонного гриппа.
В целях оперативного получения информации и своевременной оценки изменчивости циркулирующих вирусов ФГУН «ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора организовано взаимодействие  с научными институтами  США, Японии и Китая.
По результатам исследований представленных клинических материалов из различных регионов Российской Федерации (в том числе из Забайкальского, Хабаровского и Красноярского краев) можно сделать вывод о том, что в настоящее время  отсутствуют данные о циркуляции в Азии вирусов с измененными антигенными свойствами или реассортантов пандемического A/H1N1/sw-09 и сезонного гриппа.
По данным на 20.12.2009 ГНЦ ВБ «Вектор» направил в GenBank 13 полноразмерных геномов и нуклеотидные последовательности 24-х сегментов вируса А/H1N1/sw-09, из числа которых уже депонированы  9 полноразмерных геномов и нуклеотидные последовательности 16-ти сегментов.
В Российской Федерации, кроме ГНЦ ВБ «Вектор»,  анализ вирусных геномов A/H1N1/sw-09 осуществляли ЦНИИ эпидемиологии, НИИ вирусологии им. Д.И.Ивановского РАМН, Институт гриппа РАМН. При этом ЦНИИ эпидемиологии депонировал в GenBank нуклеотидные последовательности 5 сегментов и одного полноразмерного генома. НИИ вирусологии им. Д. И. Ивановского РАМН депонировал 7 полных геномов. Институт гриппа РАМН аналогичных данных в GenBank не представил. Мутаций в указанных депонированных последовательностях не выявлено.